כחברה המפעילה צי בן מאות רכבים ומסיעה אלפי אנשים מדי יום, אגד תעבורה מציבה את נושא הבטיחות בראש סדר העדיפויות שלה. החברה מקדישה משאבים רבים והקפדה מדוקדקת במטרה לשמור על רמת בטיחות גבוהה בכל יום, בכל שעה.החברה רואה בנושא הבטיחות אבן יסוד בארגון. הבטיחות מהווה מרכיב מהותי בשירות הניתן ללקוח והיא חלק מרכזי בתפיסת איכות השירות של החברה.
מחלקת הבטיחות מונה 5 קציני בטיחות במשרה מלאה, ועוד 3 עובדי Back office.
במסגרת פעילות המחלקה היא מקפידה על מתן הדרכות והשתלמויות שוטפות לנהגים בנושאי בטיחות ושירות.
הפעילות מתבצעת תחת נהלים וסטנדרטים מחמירים של בטיחות ושירות והללו נאכפים בקפדנות.
לנהגים בחברה מיומנות מקצועית ונסיון בתחום ההסעות. החברה מקפידה על מילוי תקנון הבטיחות (תקנה 168) המחייב נהגים בשעות עבודה תקינות ובכך מונעת מצב של עייפות מצטברת וסיכון בזמן הנהיגה.

כמו כן, תוכנית הבטיחות של החברה כוללת:
· טיפול חודשי ברכבים - אחת לחודש עובר כל כלי רכב של החברה ביקורת בטיחותית וטכנית ע"י מכון רישוי מורשה מטעם משרד התחבורה.
· טיפול תקופתי ברכבים- כלי הרכב מופנים לטיפול תקופתי ע"פ תוכנית טיפולים שמנוהלת ע"י קצין הבטיחות.
· קצין הבטיחות מבצע מעקב אחר תקלות שהתגלו ואחר הטיפול בהן, בתאום מלא עם המוסכים, תוך השבתת כלי רכב אשר התקלה אינה מאפשרת המשך שימוש בהם, עד תיקונה.
· חוברת נהלי בטיחות - ברשות כל נהג נמצאת חוברת נהלי בטיחות עדכנית של החברה.
· תיק בטיחות נהג - קצין הבטיחות מנהל תיק בטיחות עבור כל נהג. תיק זה כולל תיעוד הדרכות בטיחות, השתלמויות, סדנאות מנע, פרטי תאונות ואירועי בטיחות אחרים, תלונות בנושאי בטיחות ועוד.